Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran dan Kesehatan Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro (selanjutnya disingkat PS DIKK FK Undip), dibuka secara resmi berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 470/DIKTI/Kep/1996 tanggal 19 September 1996. Penyelenggaraan pendidikan sejak bulan September 1997 dimulai dengan angkatan I dalam bentuk program pendidikan terstruktur (by course). Nama Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran/Kesehatan ini merupakan perubahan dari nama semula yaitu Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran, melalui SK Rektor Undip No. 567/SK/J07/2006 tertanggal 29 Desember 2006. Selanjutnya dengan SK Rektor Universitas Diponegoro No. 568/SK/H7/2006 PS DIKK FK Undip juga menyelenggarakan program pendidikan by research. Pengurus Perkumpulan Lembaga Akreditasi Mandiri – Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (Perkumpulan LAM-PT Kes) No. 0418/LAM-PT Kes/Akr/Dok/III/2016 tertanggal 20 Maret 2016, dengan akreditasi B.
Program Studi DIKK dialih kelola dari Sekolah Pascasarjana Undip ke Fakultas Kedokteran per Desember 2015 berdasarkan surat keputusan Rektor Undip no. 1899/UN7.P/HK/2015 tentang perpindahan pengelolaan Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran dan Kesehatan dari Sekolah Pasca Sarjana ke FK Undip. Dalam struktur organisasi Fakultas Kedokteran, PS DIKK berada di bawah garis perintah Departemen Pendidikan Kedokteran, Wakil Dekan Bidang Akademik dan Dekan Fakultas Kedokteran dan dalam garis koordinasi dengan Tim Gugus Penjaminan Mutu (GPM) dan Tim Pembina Akademik PS DIKK FK Undip. Tim pembina akademik terdiri dari: 1). Dekan FK Undip sebagai Ketua Tim sekaligus anggota; 2). Wakil Dekan I FK Undip sebagai Sekretaris Tim sekaligus anggota; dengan anggota: 3). Ketua Departemen Pendidikan Kedokteran; 4) Ketua Program Studi DIKK Undip; 5). Sekretaris Program Studi; dan 6). 5 (lima) orang guru besar. Tenaga Administrasi Akademik, Mahasiswa dan Alumni, tenaga Administrasi Keuangan, serta tenaga Administrasi Umum dan Pengelola Aset merupakan pelaksana terdepan dalam pengelolaan Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran dan Kesehatan.
Sampai dengan November 2019, PS DIKK FK Undip berlokasi di Gedung Sekolah Pascasarjana Twin Tower Building (TTB) B di Jl. Imam Bardjo SH No. 5 Semarang. PS DIKK FK Undip menempati bangunan tersebut sejak tahun 2006. Saat ini pengelola dan sekretariat PS DIKK FK Undip menempati Gedung Dekanat Lama Lantai 2 Kompleks Zona Pendidikan RS dr. Kariadi Semarang, dengan fasilitas sebagai berikut: 4 (empat) ruang kuliah utama, 4 (empat) ruang seminar/ujian, ruang baca, ruang pengelola, dan ruang transit. Fasilitas perpustakaan yang dapat digunakan mahasiswa terdapat di Perpustakaan Sekolah Pascasarjana di Gedung TTB B lantai 1, Perpustakaan di Fakultas maupun Universitas.
Semua ruang kuliah telah terhubung dengan fasilitas hotspot UndipConnect dan mahasiswa diberikan motivasi agar lebih proaktif dalam mencari informasi atau jurnal ilmiah yang tersedia. Jadwal kegiatan pembelajaran yang dilaksanakan PS DIKK FK Undip diatur dengan baik dan disesuaikan dengan fasilitas ruang yang ada. Selain itu terdapat fasilitas laboratorium di Fakultas Kedokteran Undip (antara lain CEBIOR, Laboratorium Regional Avian Influenza Laboratorium Mikrobiologi Molekuler), Laboratorium Hewan Coba FK Undip, dan UPT Lab. Terpadu Undip.
Walaupun berada di bawah Fakultas Kedoteran, namun strategi, metode dan tujuan dalam kegiatan pembelajaran disesuaikan dengan peraturan akademik yang berlaku di Sekolah Pasca Sarjana (SPS) Undip. Metode mengajar (kuliah, diskusi/seminar, studi lapangan dan praktikum) dilakukan dengan menggunakan media dan teknologi informasi yang tersedia di PS DIKK FK Undip dan peralatan laboratorium setempat.
Sistem pengelolaan dana penyelenggaraan pendidikan dilakukan secara terpusat di FK Undip, sebagian dana yang diperoleh dari biaya pendidikan mahasiswa dialokasikan untuk investasi atau pengembangan bagi keberlanjutan PS. Sistem informasi pada PS DIKK FK Undip didukung oleh Undip yang telah memiliki kecukupan sarana dalam pemberdayaan sistem informasi, seperti sistem informasi akademik serta sistem informasi administrasi dan keuangan. Penerapan sistem informasi manajemen tersebut sepenuhnya dilaksanakan secara computerized dan memanfaatkan jaringan luas (WAN). Informasi ke Rektorat, FK Undip maupun Bagian/Fakultas dapat dilakukan melalui jaringan web, intranet dan internet yang disediakan oleh Universitas.
Penerimaan mahasiswa baru Program Studi Doktor llmu Kedokteran dan Kesehatan Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro (PS DIKK FK Undip) dilakukan dengan ketentuan seperti tercantum pada Peraturan Rektor Universitas Diponegoro No. 209/PER/UN7/2012 tentang Peraturan akdemik Bidang Pendidikan Universitas Diponegoro dan Peraturan Akademik Program Magister Program Pasca Sarjana Universitas Diponegoro No. 344/PER/UN7.4/2012. Peraturan tersebut mengatur penerimaan dan registrasi mahasiswa baru, penyelenggaraan program doktor, pelanggaran akademik dan program kerjasama.
Sejak bulan November 2013 pendaftaran mahasiswa baru dipusatkan dan dilaksanakan oleh Lembaga Pengembangan dan Penjaminan Mutu Pendidikan (LP2MP) Universitas Diponegoro berdasarkan Peraturan Rektor Universitas Diponegoro Nomor 3 Tahun 2013 tentang Penyelenggaraan Penerimaan Mahasiswa Baru. Proses dan mekanisme penerimaan mahasiswa baru dapat diakses secara online di http://um.undip.ac.id. Pelaksanaan Tes Potensi Akademik (TPA) dan Bahasa Inggris diselenggarakan oleh LP2MP, sedangkan seleksi Tes Potensi Dasar (TPD) melalui wawancara/tanya jawab lisan dilakukan oleh Program Studi. Seleksi wawancara dilakukan oleh Tim Seleksi yang dibentuk di Program Studi dengan melibatkan pengelola Program Studi dan Tim Pembina Akademik Program Studi. Hasil seleksi tes didokumentasikan di Universitas melalui Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro ( FK Undip) dan di Program Studi.
PS DIKK FK Undip setelah berjalan 23 tahun, mampu mengembangkan diri dengan memperoleh mahasiswa dari berbagai penjuru tanah air. Meskipun mahasiswa sebagian besar dari kalangan dosen PTN/PTS, tetapi juga ada dari rumah sakit dan instansi kesehatan. Mahasiswa juga memperoleh dukungan moril dari instansi asalnya dan juga ada yang memberi bantuan bea siswa, meskipun secara umum mahasiswa dengan kondisi sosial ekonomi yang dapat mencukupi untuk studi ditandai dengan mempunyai dana yang dapat disisihkan untuk biaya hidup dan studi keluarga. Peserta pendidikan PS DIKK FK Undip terdiri dari berbagai asal daerah di Indonesia. Sejak berdirinya PS DIKK, telah menerima mahasiswa dari 11 (sebelas) provinsi, yaitu: Jawa Tengah (terbanyak); sedangkan provinsi lainnya adalah Jawa Barat, Jawa Timur, DKI Jakarta, DI Yogyakarta, Jambi, Sumatra Barat, Kalimantan Barat, Sulawesi Tengah, Sulawesi Tenggara dan Maluku.
Lulusan PS DIKK FK Undip sebagian besar merupakan dosen PTN/PTS diarahkan untuk mampu membekali diri dalam pengetahuan dan keterampilan agar memiliki kemampuan untuk mengembangkan pribadi, memperolah pengetahuan dan mengembangkan keterampilan sesuai dengan bidang studi. Juga mampu melakukan tri dharma perguruan tinggi yang bermuara demi kemaslahatan masyarakat.
Himpunan alumni secara organisasi alumni telah dibentuk dengan SK Pengurus Pusat IKA MEDICA No 23/PP-IKA MEDICA/XI/2020 Keaktifan himpunan ini dengan komunikasi secara periodik dapat dilakukan untuk memperoleh informasi melalui mailing list, juga komunikasi pribadi atau kelompok tentang mutu lulusan yang dapat menunjang pekerjaan dan karir serta sesuai dengan aspirasi masyarakat pengguna.